海洋生物多樣性與進化研究所于2010年2月成立，是中國海洋大學海洋生物學國家重點學科、生物學一級學科博士點的構(gòu)成之一。所屬各團隊聚焦于海洋重要模式生物、重要功能類群的多樣性、發(fā)育與進化等基礎(chǔ)理論領(lǐng)域,并在海洋纖毛蟲個體與系統(tǒng)發(fā)育、多樣性研究、文昌魚等模式動物的發(fā)育與進化、魚類肝臟特異性蛋白（Vg）免疫功能等領(lǐng)域取得了國內(nèi)外公認的地位。

　　主要研究方向：
　　● 發(fā)育與進化 以文昌魚、斑馬魚等模式動物為材料，研究其早期發(fā)育過程中的基因功能、信號轉(zhuǎn)導途徑以及免疫作用和免疫相關(guān)基因的結(jié)構(gòu)、功能，以揭示脊椎動物的起源與演化規(guī)律。
　　● 原生生物的多樣性與系統(tǒng)發(fā)育 研究以纖毛蟲為代表的海洋中各類群的多樣性及細胞水平的分化規(guī)律；探討纖毛蟲細胞器結(jié)構(gòu)模式的形成與發(fā)育；開展對重要類群DNA建庫以及大尺度的系統(tǒng)發(fā)育與演化研究。
　　● 重要進化節(jié)點生物的多樣性與進化 研究海洋生物重要類群的物種、基因多樣性及個體發(fā)育；結(jié)合形態(tài)和分子等特征研究物種的變異與分化，探討重要類群的系統(tǒng)發(fā)育以及結(jié)構(gòu)與功能的適應(yīng)進化；開展重要功能基因的的克隆、表達與調(diào)控研究。